2006-10-09頃の Emacs と GnuPG 1.9.92 だと、MewのInfo にかかれているように ~/.gnupg/gpg-agent.conf に
pinentry-program $PREFIX/bin/mew-entry
と記述する必要はなく、普通に pinentry(最新の0.7.2)でパスフレーズを渡せるみたい。ただし、CRLの検証にはやっぱり失敗するので、
$ echo disable-crl-checks >> ~/.gnupg/gpgsm.conf
とやって凌ぐ。
なお、gpg-agent の --enable-ssh-support は、libgcrypt で 2048 bit DSA がまだサポートされてないらしく、手元の環境じゃ使えずちょっと残念。